Universiteit Antwerpen en UZA verbeteren en versnellen kankeronderzoek met de inzet van Google Cloud

Bij het Centrum voor Oncologisch Onderzoek (CORE), dat onderdeel is van de Universiteit Antwerpen (UA), en het Multidisciplinair Oncologisch Centrum Antwerpen (MOCA), dat weer onderdeel is van het Universitair Ziekenhuis Antwerpen (UZA), doen wetenschappers dagelijks onderzoek naar nieuwe kankerbehandelingen en diagnosemethoden. Voor deze verschillende onderzoeken verzamelen wetenschappers veel data, die zij gemakkelijk kunnen analyseren met behulp van verschillende technologieën. In vergelijking met mensen zijn computers immers beter en sneller in staat om diagnoses te stellen en voorspellingen te doen. Dat werd voorheen gedaan in een eigen on-premise omgeving, maar deze gaf veel beperkingen ten aanzien van capaciteit, snelheid en schaalbaarheid. In samenwerking met de vakexperts van Qodea is deze lokale IT-infrastructuur in korte tijd gemigreerd naar de Google Cloud. Het resultaat? Voor alle wetenschappers is er nu genoeg capaciteit om alle onderzoeken tegelijkertijd en sneller uit te voeren. Daarnaast is de nieuwe cloudomgeving geheel op de toekomst voorbereid.

Dr.Joe Ibrahim, Senior Researcher aan de Universiteit van Antwerpen vertelt over de migratie: “Vanwege de beperkte capaciteit in onze vorige on-premise omgeving moesten de wetenschappers vaak in een rij aansluiten om hun processen uit te kunnen voeren en dat is iets wat je niet wilt bij kankeronderzoek. Ondanks dat we beschikken over een high performance cluster was de toenmalige infrastructuur vaak overbelast en liep zelfs vast als een applicatie te veel geheugen nodig had. Ook was er voor bepaalde onderzoeken behoefte aan GPU-Computing en dat was in de toenmalige infrastructuur niet aanwezig.” Genoeg redenen voor de Universiteit Antwerpen om samen met Qodea over een betere oplossing na te denken.

Drievoudige cloudoplossing

Die oplossing vonden ze in Google Cloud. De vakspecialisten van Qodea hebben in nauw overleg met de onderzoekers van Universiteit Antwerpen in een relatief korte tijd een compleet nieuwe onderzoeksomgeving in Google Cloud opgeleverd. De nieuwe cloudoplossing bestaat uit drie onderdelen: datapijplijnen, dashboarding & reporting en een infrastructuur die het delen van data met derden mogelijk maakt. Prof. dr.Timon Vandamme, Senior Staflid Digestieve en Neuroendocriene Oncologie aan UZA, legt uit: “Dankzij de datapijplijnen in Google Cloud kan via een aantal vooraf bepaalde stappen geautomatiseerd onderzoek uitgevoerd worden. De output van zo’n onderzoek kunnen we opslaan in de cloud. In onze vorige on-premise omgeving werkten we ook met datapijplijnen, maar ook daar liepen we tegen beperkingen aan.”

Het tweede onderdeel van de oplossing bestaat uit het monitoren van gebruikte resources, het genereren van rapporten en het doen van projectbeheer. Hiervoor maakt de Universiteit Antwerpen gebruik van Google Looker Studio, dat bedoeld is om data inzichtelijk te maken. De gerealiseerde infrastructuur, het derde deel van de oplossing, maakt het mogelijk om data met andere (onderzoeks)instellingen te delen. Deze infrastructuur wordt nu al gebruikt voor het delen van datapijplijnen. Het daadwerkelijk delen van data zal in een later stadium plaatsvinden.

Flexibel & schaalbaar

Voor de wetenschappers is de nieuwe omgeving gemakkelijker te gebruiken en vanwege de modulariteit kunnen ze nu per project de benodigde hoeveelheid resources kiezen in Google Cloud. “Als onderzoeksinstelling voeren we niet voortdurend dezelfde processen uit", zegt Joe. “Elk onderzoek is anders en vraagt om andere middelen." De Google Cloud biedt een flexibele en schaalbare omgeving waar de wetenschappers mee uit de voeten kunnen. Het cloudplatform biedt daarnaast uitgebreide mogelijkheden voor Machine Learning (ML) en AI. De Universiteit Antwerpen heeft inmiddels de eerste tests met ML in Google Cloud uitgevoerd en wil in de toekomst de mogelijkheden rondom AI en ML in de cloudomgeving verder verkennen.

Sneller resultaten beschikbaar

Naast de al eerder geschetste voordelen zoals flexibiliteit en gebruiksgemak, betekent het gebruik van Google Cloud ook dat Universiteit Antwerpen niet meer hoeft te investeren in eigen hardware, die altijd snel veroudert en vaak onvoldoende krachtig blijkt om wetenschappelijke onderzoeken mee uit te voeren. Daarnaast is de extra capaciteit ontzettend belangrijk bij onderzoeken voor kankerpatiënten. Timon: “Bij het verwerken van data voor onze onderzoeksinstelling, speelt tijd niet zo’n grote rol. Dan maakt het niet uit dat we bijvoorbeeld twee weken op onderzoeksresultaten moeten wachten. Maar als het gaat om onderzoeksgegevens van een patiënt, dan willen we wel zo snel mogelijk de uitkomsten weten, want dan kun je de patiënt direct adviseren over het verdere verloop van de behandeling.”

Gezamenlijke aanpak met Qodea

Op de samenwerking met Qodea kijkt de Universiteit Antwerpen tevreden terug. Een gezamenlijke aanpak bij het inrichten van de nieuwe omgeving van Google Cloud was voor hen erg belangrijk. “We zijn nu eenmaal wetenschappers en we willen graag weten hoe alles werkt", verduidelijkt Timon. “Qodea was bereid om ons mee te nemen in het traject en al hun kennis met ons te delen.” In een tijdvak van een paar maanden heeft Qodea voor Universiteit Antwerpen een volledige schaalbare en toekomstbestendige oplossing in Google Cloud opgeleverd. De wetenschappers beschikken nu over een bijna oneindige hoeveelheid processorkracht, meer geheugencapaciteit en meer flexibiliteit bij het uitvoeren van onderzoeken. Door de inzet van het Google Cloud Platform zijn ze nu in staat om kankeronderzoek veel effectiever en veiliger te schalen. Timon: ”De analysetijd van bepaalde onderzoeken hebben we weten te verkorten van vijf dagen naar ongeveer vijftien uur. Dat is een significante verbetering. Al met al zijn ze zeer tevreden met de professionele cloudoplossing die door de vakspecialisten van Qodea is geïmplementeerd."