L'Université d'Anvers et l'UZA améliorent et accélèrent la recherche sur le cancer grâce à Google Cloud

Au Centre de Recherche Oncologique (CORE), qui fait partie de l'Université d'Anvers (UA), et au Centre d'Oncologie Multidisciplinaire d'Anvers (MOCA), qui fait partie de l'Hôpital Universitaire d'Anvers (UZA), les scientifiques mènent quotidiennement des recherches sur de nouveaux traitements contre le cancer et des méthodes de diagnostic. Pour ces différentes recherches, les scientifiques collectent un grand nombre de données, qu'ils peuvent facilement analyser à l'aide de différentes technologies. En effet, par rapport aux humains, les ordinateurs sont plus performants et plus rapides pour établir des diagnostics et faire des prédictions. Cela se faisait auparavant dans un environnement local, mais celui-ci présentait de nombreuses limitations en termes de capacité, de vitesse et d'évolutivité. En collaboration avec les experts de Qodea, cette infrastructure informatique locale a été rapidement migrée vers Google Cloud. Le résultat ? Tous les scientifiques disposent désormais de suffisamment de capacité pour mener toutes leurs recherches simultanément et plus rapidement. De plus, le nouvel environnement cloud est totalement prêt pour l'avenir.

Le Dr Joe Ibrahim, chercheur principal à l'Université d'Anvers, parle de la migration : « En raison de la capacité limitée de notre précédent environnement local, les scientifiques devaient souvent faire la queue pour exécuter leurs processus, et ce n'est pas ce que l'on souhaite dans la recherche sur le cancer. Malgré la présence d'un cluster haute performance, l'infrastructure de l'époque était souvent surchargée et plantait même lorsqu'une application nécessitait trop de mémoire. De plus, certaines études nécessitaient du calcul GPU, ce qui n'était pas présent dans l'infrastructure précédente. » Suffisamment de raisons pour que l'Université d'Anvers réfléchisse à une meilleure solution avec Qodea.

Solution dans Google Cloud

Ils ont trouvé cette solution dans Google Cloud. En étroite collaboration avec les chercheurs de l'Université d'Anvers, les spécialistes de Qodea ont mis en place un tout nouvel environnement de recherche dans Google Cloud en un temps relativement court. La nouvelle solution cloud se compose de trois éléments : les pipelines de données, le tableau de bord et le reporting, et une infrastructure permettant le partage de données avec des tiers.

Le Prof. Dr. Timon Vandamme, membre senior du personnel en oncologie digestive et neuroendocrine à l'UZA, explique : "Grâce aux pipelines de données dans Google Cloud, la recherche automatisée peut être effectuée via un certain nombre d'étapes prédéfinies. Nous pouvons stocker les résultats de ces recherches dans le cloud. Dans notre précédent environnement local, nous travaillions également avec des pipelines de données, mais là aussi nous nous heurtions à des limitations."

La deuxième partie de la solution consiste à surveiller les ressources utilisées, à générer des rapports et à gérer les projets. Pour cela, l'Université d'Anvers utilise Google Looker Studio, qui est conçu pour rendre les données intelligibles. L'infrastructure réalisée, troisième partie de la solution, permet de partager des données avec d'autres institutions (de recherche). Cette infrastructure est d'ores et déjà utilisée pour le partage de pipelines de données. Le partage effectif des données aura lieu ultérieurement.

Un environnement flexible

Pour les scientifiques, le nouvel environnement est plus facile à utiliser et, grâce à sa modularité, ils peuvent désormais choisir la quantité de ressources nécessaires par projet dans Google Cloud. "En tant qu'institution de recherche, nous n'effectuons pas constamment les mêmes processus", explique Joe. "Chaque recherche est différente et nécessite des ressources différentes." Google Cloud offre un environnement flexible et évolutif avec lequel les scientifiques peuvent travailler. La plateforme cloud offre également de vastes possibilités pour l'apprentissage automatique (ML) et l'IA. L'Université d'Anvers a désormais effectué les premiers tests avec le ML dans Google Cloud et souhaite explorer davantage les possibilités autour de l'IA et du ML dans l'environnement cloud à l'avenir.

Résultats

Outre les avantages déjà évoqués, tels que la flexibilité et la facilité d'utilisation, l'utilisation de Google Cloud signifie également que l'Université d'Anvers n'a plus besoin d'investir dans son propre matériel, qui vieillit toujours rapidement et s'avère souvent insuffisamment puissant pour mener des recherches scientifiques. En outre, la capacité supplémentaire est extrêmement importante dans les études pour les patients atteints de cancer. Timon : "Lors du traitement des données pour notre institut de recherche, le temps ne joue pas un rôle aussi important. Cela n'a pas d'importance si nous devons attendre deux semaines pour obtenir les résultats de la recherche, par exemple. Mais lorsqu'il s'agit des données de recherche d'un patient, nous voulons connaître les résultats le plus rapidement possible, car nous pouvons alors conseiller immédiatement le patient sur la suite du traitement."

Approche

L'Université d'Anvers est satisfaite de sa collaboration avec Qodea. Une approche conjointe pour la mise en place du nouvel environnement Google Cloud était très importante pour eux. "Nous sommes, après tout, des scientifiques et nous aimons savoir comment tout fonctionne", précise Timon. "Qodea était prêt à nous accompagner dans le processus et à partager toutes ses connaissances avec nous."

En quelques mois, Qodea a fourni à l'Université d'Anvers une solution complète, évolutive et pérenne dans Google Cloud. Les scientifiques ont désormais accès à une quantité presque infinie de puissance de traitement, à davantage de capacité de mémoire et à plus de flexibilité dans la conduite de leurs recherches. Grâce à l'utilisation de la plateforme Google Cloud, ils sont maintenant en mesure de mettre à l'échelle la recherche sur le cancer de manière beaucoup plus efficace et sécurisée. Timon : "Nous avons réussi à réduire le temps d'analyse de certaines études de cinq jours à environ quinze heures. C'est une amélioration significative. Dans l'ensemble, ils sont très satisfaits de la solution cloud professionnelle qui a été mise en place par les spécialistes de Qodea."